藥廠凈化工程的微生物污染控制方法是一個綜合性的體系，空氣潔凈技術(shù)是控制微生物污染的關(guān)鍵。通過采用高效空氣過濾系統(tǒng)，如初效、中效和高效過濾器，逐級過濾空氣中的微粒和微生物，確保潔凈區(qū)內(nèi)的空氣質(zhì)量達到標準。同時，維持潔凈室的正壓環(huán)境，防止外界污染空氣侵入。對生產(chǎn)用水進行嚴格的處理和監(jiān)控。工藝用水在制藥過程中至關(guān)重要，必須采用化學(xué)消毒劑、過濾與紫外線照射等方法進行綜合處理，確保其無菌狀態(tài)，防止微生物通過水系統(tǒng)傳播。

另外，人員、物料以及設(shè)備均是微生物污染關(guān)鍵的源頭所在。所以，進入潔凈區(qū)的人員務(wù)必歷經(jīng)嚴格的更衣流程、洗手消毒等環(huán)節(jié)，而物料與設(shè)備在投入使用前必須進行全面的清潔與消毒工作，以此降低微生物被攜帶進來并繁衍生長的可能性。定期進行環(huán)境監(jiān)測和消毒處理也是必不可少的。通過空氣采樣器、表面采樣拭子等設(shè)備對藥廠凈化工程潔凈區(qū)的空氣、設(shè)備、物料進行監(jiān)測，及時發(fā)現(xiàn)并消除潛在的污染風(fēng)險。同時，使用高效殺菌劑對潔凈區(qū)進行深度清潔和消毒，確保生產(chǎn)環(huán)境的無菌狀態(tài)。